Quoique : conjonction de subordination s'écrit en un seul mot, s'il peut être remplacé par bien que.
--> J'entre, quoiqu'il y ait beaucoup de monde (bien qu'il y ait…)
Quoi que : pronom relatif composé, s'écrit en deux mots, s'il peut être remplacé par quelle que soit
la chose que
--> Quoi qu'il dise, ne le croyez pas (quelle que soit la chose qu'il dise)